Юношеское самоуправление - важный элемент функционирования лицея. Практическая деятельность всех составляющих «уклада жизни лицея» реализуется через работу кабинета министров, подотчетного парламенту. Парламент формируется из учащихся лицея на добровольной основе. У лицеистов есть возможность на практике попробовать свои силы и в законотворчестве, и в управлении, и в исполнении принятых решений.
Работа парламента и кабинета министров регламентируется Законом о выборах президента лицея, Положением об органе лицейского самоуправления, Положением о формировании правительства лицея.
Ежегодно избирательной кампании в лицее предшествует изучение лицеистами 10-х классов Закона о выборах президента лицея. Процедура проведения выборов президента включает формирование избирательной комиссии, сбор подписей в поддержку кандидатов, их регистрацию, агитационную предвыборную кампанию, дебаты кандидатов, голосование электората. В день выборов с целью соблюдения прав избирателей работают и выездные комиссии. В выборах президента принимает участие более 80 % электората лицея, который включает, в том числе педагогов и сотрудников. В связи с исключением в 2007 году из бюллетеней на выборах в Российской Федерации графы «Против всех» в лицее состоялся референдум по этому вопросу. В нем приняли участие более 90% лицеистов, более 70% из которых высказались «за» сохранение этой графы.
За время существования лицея 28 лицеистов разных профилей были избраны президентами лицея: